Souske Sagara a japán hadseregben őrmester. Új feladata megvédeni Kaname Chidori-t, egy középiskolás lányt. Souske-nak be kell épülnie az iskolába, mint diák. De ez nem megy olyan könnyen ugyanis Souske egész életében katonai kiképzésben részesült és nem tudja hogyan kell viselkedni az iskolában. Ezt az is tanúsítja, hogy egy halom gépfegyvert visz az iskolába és mindenkit terroristának néz. Ráadásul Chidori már nem az az ártatlan lány akit a fényképen látott: egy életvidám, erős, kissé hirtelen haragú lány lett. Az animének három szériája van: a Full Metal Panic! azoknak való akik szeretik a hatalmas küzdő robotokkal és ecchi jelenetekkel teli animéket, a Full Metal Panic Fumoffu?! Souske és Kaname iskola beli napjait mutatja be sok humorral és a Full Metal Panic The Second Raid (a második küldetés) ami, mint kiderül egy új küldetésről szól.